Lammps

1.软件版本

Lammps软件安装版本以lammps-5Jun10为例，即2010年5月的版本。（安装方法仅供参考）

2.安装前要求

2.1 需要C和C＋＋ 编译器

我们推荐使用gcc编译器 ，版本为4.1或4.2，gcc编译器为操作系统自带

2.2 需要安装fftw2库的double（双精度）版本

FFTW2-double

2.3 需要安装标准MPI

我们推荐使用gnu编译器版openmpi 来编译运行软件 安装gnu编译器版OpenMPI

3.软件编译安装

3.1 上传文件

  1. 上传源码包lammps-5Jun10.tar.gz到/public/sourcecode

  2. 编译lammps主程序

    tar xvzf lammps-5Jun10.tar.gz
cd lammps-5Jun10
cd src

  3. 修改文件MAKE/Makefile.g++

    vim MAKE/Makefile.g++

    第9行 CC = g++4 改为 CC = mpiCC
    第12行 LINK = g++4 改为 LINK = mpiCC
    第34行 MPI_LIB = -lmpich –lpthread 改为 MPI_LIB =
    第41行 FFT_INC = -DFFT_FFTW 改为 FFT_INC = -I/public/software/mathlib/fftw215-double/include -DFFT_FFTW
    第43行 FFT_LIB = -lfftw 改为 FFT_LIB = -L/public/software/mathlib/fftw215-double/lib -lfftw

  4. 载入gnu编译器版openmpi环境变量

    source /public/software/mpi/openmpi1.3.4-gnu.sh

  5. 编译软件

    make g++

    生成lmp_g++可执行文件即为lammps主程序

  6. 复制可执行文件到/public/software 下

    mkdir -p /public/software/lammps
cp lmp_g++ /public/software/lammps/lmp_g++_openmpi

    4.手动运行lammps

  7. 准备算例,使用test运行算例

    su - test
cp -r /public/sourcecode/lammps-5Jun10/bench/ lammps-test
cd lammps-test
  8. 载入使用的mpi的环境变量
    source /public/software/mpi/openmpi1.3.4-gnu.sh
  9. 手动运行namd
    mpirun -np 32 -machinefile ma /public/software/lammps/lmp_g++_openmpi <in.chain
  10. 建立运行脚本 run.sh，脚本内容为
    mpirun -np 32 -machinefile ma /public/software/lammps/lmp_g++_openmpi <in.chain
  11. 修改 run.sh 的权限为可执行
    chmod +x run.sh

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